三峽祖師廟奉祀的是清水祖師，本名陳昭應，河南省開封縣人，曾經追隨宋朝丞相文天祥舉勤王，英勇抗禦元兵，是宋朝時化的民族英雄。
陳昭應的第三代子孫，秉持祖師的漢族精神，跟隨朱元璋推翻元朝。明太祖立位，為追念陳昭應功\在國家，特別封為「護國公」，因為他生前曾在福建省安溪縣蓬萊鄉清水巖隱居，所以在清水巖建立祠堂，供大家追念，安溪人就尊稱他為「清水祖師」。
清乾隆初年福建安溪的移民來到此地，帶來了家鄉的守護神清水祖師公。乾隆三十二年（西元一七六六年）建一草庵奉祀。道光十三年（西元一八三三年）因大地震損毀，募款重建，名為「長福巖」，成為三峽鎮民的信仰中心。光緒二十一年（西元一八九五年）又遭日軍焚毀，四年後重建於現址。
民國三十六年（西元一九四七年）祖師廟因年久斑駁失修而擬議重建，推舉李梅樹教授為重建工程的美術設計及工程指導。李教授秉持著安溪人對祖師公的虔誠信仰，與藝術家的精誠，融合了不同流派的匠師與當代藝術家作品的風格。數十年來工程在一琢一剉中細密進行，祖師廟因而贏得「民間藝術殿堂」、「東方藝術殿堂」的美譽。
民國七十二年（西元一九八三年）李梅樹教授病逝。然而，祖師廟的修建仍持續進行中，但願三峽人士能夠繼承李教授的遺志，完成這座偉大的藝術殿堂。
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