指玄宮之興建，係由於信士呂芳富於民國四六年八月廿三日將其斯奉祀之福佑帝君(仙公祖)開光點眼，致引起信士矚目。
至四十七年四月八日使由呂理溶、呂芳明等信士發起之先工會乃告正式成立。是時已有會員廿於名，並由呂德輪值首任爐主。同時會員間已有興建廟宇之動機語意念。
民國五十年，信士蕭萬益加入仙公會並輪值爐主，始正式提出建廟之動議。當時由呂德及呂理各提供土地一塊，以為建廟基地，當時村長呂理擬提供期宅旁之田地，而呂德則願獻現在之廟宇基地。二人誠心可感相持不下，最後於仙公祖前擲「神杯」作決定。結果承神之指示，建廟於現址。「惟呂德逝世後，由管理委員會向其子購入原擬捐贈之現在廟地。」。
民國五十一年壬寅仲秋，推選呂理溶、呂傳恭、呂芳明、蕭萬益、呂理華、呂理漢、呂理欽、呂理耀、呂芳桶、呂德、呂金養、呂理存、黃貴、涂\水圳、黃正雄、謝澤未、謝耀輝、呂芳永、呂娘發、邱富、邱垂清、許\會、蕭興信、鄭桐桔、呂阿行、鄭深港、江呂梅香等名為建廟發起委員，著手規劃建廟事宜。
民國五十一年十月初八，動土開機興建廟宇（當時因經費所限，只興建卅坪）。
民國五十三年正式命名為指玄宮，並加以擴建，更由公款購置廟前空地一百坪，以及呂理賢昆仲所捐贈土地八十九坪，此時廟地共計有四百一十九坪。
民國六十八年徐石水贈廟埕土地31坪，呂理治贈倉庫土地十七坪。
民國八十五年購買2筆土地，今會議室即廚房用地共一百一十九坪。
民國九十二年購地卅八坪餘，是福德祠用地。
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